Drobne różnice są. Przy aktualizacji to zaobserwowałem.
Steamowa wersja F-16 (Early Access) ma niektóre pliki w innych folderach lub o innych nazwach, głównie manifesty, czasem jakieś .lua. Sporo takich raczej drobiazgów w samym DCS. Zapewne bez różnicy gdy już się uruchomi DCSa ale wersje się różnią.
Za każdym razem jak robię update, to najpierw Steamowy, później od Standalone i updater standalone się bawi z tymi plikami, kopiując do folderu _backup.00n. Raz przy tym siedziałem, przeglądając. Największy folder był prawie 200MB (19/12/19). AJS37 pliki dźwięków ale sprawdziłem, różnią się tylko datami. Więc raczej nie jest tak, że przy aktualizacji któraś z wersji dostaje czegoś więcej.